Tanto la Comisión Europea como las ONG conservacionistas denunciaron en el 2005 a la Comunidad de Madrid por no haber evaluado adecuadamente el impacto de la carretera M 501, ya que habían fragmentado el proyecto para que de esta manera, pareciese que el impacto ambiental era menor y no conservar de forma adecuada los hábitats y especies protegidas por las ZEPA´s y los LIC`s afectados, amparándose la administración madrileña en la gran mentira de que la seguridad vial era más importante que la conservación del medio.
El eurodiputado David Hammerstein de Los Verdes europeos ha realizado una pregunta parlamentaria dirigida a la Comisión europea preguntando si ésta no cree que al igual que en la infracción 2006/4340 relativa a la duplicación de la carretera 501 en Madrid, el Reino de España está realizando una aplicación incorrecta de sus obligaciones resultantes de diversas directivas europeas.
El proyecto de la autovía A 48 Cádiz -Algeciras concluido hasta la localidad de Vejer de la Frontera en dos tramos (Cádiz-Conil y Conil-Vejer) ya ha afectado a 6 Lugares de Interés Comunitario (LIC).
De Vejer a Algeciras se estudia y se evalúan otros 6 tramos afectando a 7 Lugares de Interés Comunitario más.
Fomento presento 3 proyectos para el tramo Vejer Algeciras en el año 2006 y en el 2007 modificó 2 de estos y con estos aumentaban considerablemente el impacto a los LIC`s afectados.
El total del trayecto Cádiz-Algeciras afectaría 13 Lugares de Interés Comunitario clasificados con la más alta protección medioambiental europea.
Todos estos proyectos han tenido una evaluación ambiental fragmentada siendo desconocido el impacto total y sinérgico del proyecto.
